メモリー周りは設定ずみとすると、「インデックスを張る」という一般的なRDBMSにおけるチューニングとやることは同じ。

slowqueryがログに出てくれるのと、log-queries-not-using-indexes をつけておくとインデックスが使えていないものもログに出てくれるんで楽チン。

ただし、インデックスフルスキャンがインデックスを使えていないのと同様にログに出ちゃうので、そもそもシンプルなSQLでアクセスするようにテーブルを設計するのが大事。という結論。