nice値を上げてもI/O負荷が下がらないしどうしよう。。という時に、ふと「ioniceとかないの？」と検索してみたらあったw

ionice -c3 rsync -a path REMOTE:/path/

とやってみたら、ほとんど負荷をかけずにrsyncできたので(すげー時間かかったけど)、今度はリモート側から実行するときはどうしよ？と、思ったらいい例があって助かった。

rsync -avz -e 'ssh -c arcfour' --rsync-path="ionice -c3 rsync" --delete REMOTE_HOST:/path /path/

これでオッケー。 参考： リモートサーバー側の負荷を抑えてrsyncを実行する方法