設定から mail.serverDefaultStoreContractID を @mozilla.org/msgstore/maildirstore;1 にすればOK。

今の所新しく設定したアカウントのみの対応なようなのと、mboxで運用しているアカウントからmaildirで運用しはじめたアカウントへのメッセージの移動がうまく出来ない？ようなので、まだまだ開発者向けの機能っぽい。もうちょいか？

参考： http://jaisejames.wordpress.com/2012/03/15/to-activate-maildir-in-thunderbird/